PAUD ISTIQOMAH didirikan pada tahun 2009 di bawah naungan Yayasan IKMCS ISTIQOMAH. Tokoh yang paling berjasaa dalam membidani lahirnya PAUD ISTIQOMAH adalah sebagai Ketua Yayasan Ibu Dra. Hj Fatma Herawati, sekretaris bapak Drs. Syarifuddin dan bendahara Yulisman Desa. Setelah masjid dibuat direncanakan tingkat 3, dan telah selesai dua tingkat di mana lantai dua dipakai untuk pelaksanaan ibadah Sholat Sehari-hari dan Sholat Jumat, sementara lantai satu sebagai ruangan serbaguna belum terpakai, kesempatan inilah dipakai untuk pendidikan PAUD yang sampai hari ini terlaksana dengan baik dan nyaman. Letak PAUD ISTIQOMAH berada tepat di bawah bangunan Masjid ISTIQOMAH, yang merupakan gedung yang lumayan luas ini, sehingga yayasan menjadikannya sebagai tempat pendidikan maka jadilah tempat ini sebagai PAUD ISTIQOMAH dan untuk meningkatkan sumber daya manusia khususnya bagi masyarakat yang kurang mampu agar anak-anaknya setara dengan anak-anak lainnya. Sebagai kepala sekolah pertama ditunjuk Ibu Dra. Sefni Rita, M.Pd hingga sekarang. Langkah berikutnya dilembagakan dan mengajukan perizinan ke Dinas Pendidikan. Surat Izin Operasional dari Dinas Pendidikan nomor 4157/1.851.4 tercantum mulai berlaku tanggal 30 November 2011.
Angkatan pertama dengan jumlah siswa 25 orang dan diterima di sekolah SD Negeri sebanyak 16 orang.
Angkatan berikutnya juga tidak jauh berbeda banyak yang diterima di SD Negeri dan MIN (Madrasah Ibtidaiah Negeri) dengan prestasi ekstrakurikuler unggulan, yaitu mampu membaca Alquran dan ayat-ayat pendek, serta lomba tingkat kecamatan dan wilayah.